阿里山地區擁有臺灣鴨腳木--厚葉柃木林型、華山松--紅檜林型、紅檜--鐵杉林型、狹葉高山櫟--森氏杜鵑林型、鐵杉林型--冷杉林型、華山松--馬醉木林型、臺灣虎皮楠林型、紅檜--雲杉--石楠型、鐵杉--狹葉高山櫟林型等數以百計、不同林相的植物，雖然日據時代及政府遷台初期，在阿里山地區大量砍伐紅檜、臺灣扁柏等樹木，幸好因交通不便，不少地區的自然生態得以保持原始狀態，是臺灣地區植物基因寶庫，以阿里山為名的植物，便有阿里山山櫻、阿里山杜鵑等十六種，可見一斑。
*阿里山紅肉杜（阿里山赤柯）：殼斗科喬木，葉長橢圓形，短尾狀，先端鈍，基部圓形至鈍形或楔形，全緣，兩面光滑，側脈網狀。總苞捥形，三個成叢，先端呈連鎖狀，苞片合而為一，上半部者覆瓦狀、下半部者環狀，堅果壓縮球形，生長地區在臺灣中部。
*阿里山山櫻：薔薇科小喬木或灌木，萼片紅色，花瓣白色或淡紅色，民國三年，日本人金平亮三在阿里山區發現，但臺灣光復以來，阿里山地區從無發現及採集記錄，民國八十六年，嘉義林管處保育員鄭美麗在阿里山事業區第二十九林班地發現阿里山山櫻族群。特產出雲山、阿里山。
*阿里山十大功勞：小蘗科常綠灌木，小葉有刺狀齒牙，花為總狀花序，自葉叢中心抽出，花瓣及萼片均為黃色，花枝數目最多可達十餘枝，花姿獨特、花容曼妙，漿果成熟時為紫色，是野鳥最佳食品。特產臺灣海拔兩千兩百公尺至兩千六百公尺山區。
*阿里山女貞：木犀科常綠灌木，嫩小枝具粗長絨毛。葉革質，殆無柄，闊卵形至卵形，或菱狀卵形，先端短漸尖，圓錐花序頂生，略有毛，花筒長3 -4MM ，裂片反捲。生長地在臺灣中、南部高山。
*阿里山北五味子：雲葉科北五味子屬喬木或灌木，葉長橢圓形或倒卵形，疏淺鋸齒緣。漿果紅色，特產臺灣海拔一千八百公尺左右山區。
*阿里山青棉花：八仙花科青棉花屬常綠灌木，枝十字對生，葉革質，倒卵狀橢圓形，先端尖銳，產於華南及臺灣海拔一千兩百公尺至兩千五百公尺山區。
*阿里山瑞香（白瑞香）：瑞香科瑞香屬喬木或灌木，葉長橢圓形以至批針形，殆無柄，花序頂生頭狀，萼筒外光滑，黃色，雄蕊八、上下兩列，無柄、子房三室，特產臺灣高地。
*阿里山楊桐（阿里山紅淡）：嫩枝、葉柄、葉背及花序被褐色軟毛，葉批針狀長橢圓形，兩端鈍形，全緣具細鋸齒，表面有光澤。漿果暗紫色有毛，特產臺灣大雪山、阿里山、八仙山海拔兩千公尺附近地區。
*阿里山柃木：長葉子房略被短毛，花柱平滑，先端三裂，特產阿里山地區。
*阿里山杜鵑：杜鵑科常綠灌木或喬木，枝光滑，但冬芽有柔毛。葉薄革質、光滑，叢生枝端，批針狀長橢圓形，花為3-5朵密繖花序，花冠淡紅色。僅產於阿里山。
*阿里山獼猴桃：獼猴桃科，枝二型，春枝僅生葉，且葉片較狹，夏枝開花並生較闊的葉片。葉皮紙質，卵狀長橢圓形至卵形，基部常不等。聚繖花序三或四花，花白色、果略球形，平滑具皮孔，漿果可食。特產臺灣海拔1160-2260公尺叢林或森林中。
*阿里山雨傘仔：常綠小灌木，莖直立、光滑。葉片長橢圓形或倒批針形，基部漸尖，兩面無毛亦無腺點，疏鋸齒緣、齒內具有緣腺。繖形花序腋出，萼片離生，狹批針形或狀長橢圓狀批針形，漿果球形，成熟時為紅色。特產阿里山、溪頭，族群十分稀少。
*阿里山小蘗：小蘗科，葉三枚輪生革質，長橢圓狀卵形或長橢圓形，銳形刺狀鋸齒緣，花一至三朵簇生，果實為卵形，特產阿里山。
*阿里山榆：榆科榆屬，落葉罕半常綠喬木，樹幹皮為灰褐色，不規則縱向細淺短溝裂，薄片狀剝落，葉橢圓形以至長橢圓形，表面光滑、重鋸齒緣，果實為翅果，形狀像壓縮的倒卵。
*阿里山灰木（臺灣山礬、密毛山礬）：灌木或喬木，葉狹卵形，背常疏被倒伏毛，漸尖形，腺齒牙或波狀緣，腋生穗狀花序，果實橢圓形或球形，產於華南及臺灣海拔五百公尺至兩千五百公尺山區。
*阿里山小花鼠刺：葉橢圓形，每邊側脈七或八條，特產中央山脈海拔一千三百公尺至兩千五百公尺山區。※
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